A Amazônia caracteriza-se como um mosaico dotado de megadiversidade, no qual estão abrigadas inúmeras categorias de áreas especialmente protegidas com características e problemas diferenciados. Neste artigo são enfocados os riscos e desafios à conservação e preservação dessas áreas, localizadas no Estado de Mato Grosso, através da análise dos problemas que enfrentam e dos conflitos socioambientais associados à sua implantação e gestão. Essa abordagem jurídica é complementada pelo exame das políticas públicas voltadas para a preservação e conservação dessas áreas e do exame dos principais problemas socioambientais que as atingem e, eventualmente, as impedem de realizar seu fim precípuo de conservação.