Nos últimos três anos, grupos indígenas de três etnias distintas, que até então não mantinham relação permanente com o Estado ou mesmo com a sociedade envolvente, passaram a receber assistência à saúde constante e permanentemente do governo brasileiro. Dentre as políticas aplicadas a eles, destaca-se o início de intervenções biomédicas em dois grupos da etnia Korubo na Terra Indígena Vale do Javari, Amazonas. A partir da experiência dos autores, este artigo tem como objetivo relatar e refletir sobre a situação sanitária, o cuidado médico e outras ações de saúde implicados nos processos atuais de contato interétnico, em especial nos eventos ocorrido na Terra Indígena (TI) Vale do Javari envolvendo a etnia Korubo. Busca-se, assim, contribuir para uma reflexão acerca do contexto epidemiológico atual dos povos indígenas que se encontram recentemente inseridos em uma zona de contato com agentes do Estado brasileiro, bem como levantar subsídios para o planejamento de ações de saúde em uma situação de contato.